Santa Margherita è situata nelle vicinanze di Melfi, al chilometro 1 della strada statale 303 in direzione di Rapolla. Si tratta di una chiesa rupestre scavata nel tufo vulcanico.

La chiesa è a navata unica, con quattro cappelle laterali. 

La navata centrale è coperta da crociere a sesto acuto, mentre le cappelle laterali sono coperte da volte a botte. 

Dal punto di vista artistico, la chiesa è interessante per i numerosi affreschi che ricoprono le pareti. 

Molti di questi hanno uno stile bizantino, mentre altri hanno impronta marcatamente occidentale. 

Fra questi riveste particolare importanza il "Contrasto dei vivi e dei morti", nel quale alcuni studiosi vedono raffigurati l'imperatore Federico II di Svevia, la moglie Isabella d'Inghilterra ed il figlio legittimo Corrado IV.